El Ministerio tiene como entidades adscriptas las siguientes:
- Instituto de Investigaciones de Sanidad Vegetal.
- Instituto de Ingeniería Agrícola
- Instituto de Investigaciones de Suelos.
- Escuela Ramal del Ministerio de la Agricultura.
- Unidad de Laboratorios Centrales de Sanidad Agropecuaria, y
- Centro Nacional de Sanidad Animal.
1. Instituto de Investigaciones de Sanidad Vegetal
Misión
Contribuir a la prevención y disminución de los riesgos y pérdidas por plagas sin afectar al ambiente sobre una base sostenible.
2. Instituto de Investigaciones de Suelos.
Misión
Proveer la base científico técnica para el correcto uso, manejo, conservación y mejoramiento del fondo de suelos del país.
3. Escuela Ramal del Ministerio de la Agricultura.
Misión
Preparar, capacitar a los cuadros y reservas, funcionarios y otros especialistas que por sus atribuciones y obligaciones lo requieran; impartir capacitación a otras categorías ocupacionales de trabajadores que de decida el organismo; brindar servicios científico-técnicos de innovación y desarrollo y asesoramiento en cuanto a las necesidades del sistema agropecuario y forestal cubano.
4. Unidad de Laboratorios Centrales de Sanidad Agropecuaria
Misión
Coordinar y controlar el trabajo de la red de laboratorios centrales, así como los servicios científico-tecnológicos de Sanidad Agropecuaria, y con este fin cumple las funciones.
5. Instituto de Ingeniería Agrícola
Misión
Propiciar el desarrollo científico tecnológico de sistemas integrales de Ingeniería Agrícola que viabilicen la implementación armónica de tecnologías de riego y drenaje, mecanización, energía, poscosecha y conservación ambiental, sobre la base del uso eficiente de los recursos naturales, para contribuir a la seguridad alimentaria del país.
6. Centro de Sanidad Animal
Misión
Proponer, implementar y controlar el Sistema de la Sanidad Animal en el país para proteger el territorio nacional de la introducción de enfermedades, los programas de emergencia, prevención y control de las enfermedades de los animales; la vigilancia epizootiológica, el diagnóstico, la política de uso y registro de los medicamentos veterinarios y alimentos para el consumo animal, el control higiénico sanitario de los alimentos de origen animal destinados al consumo humano y para la alimentación animal.